1970 yılında Eskişehir’de doğdu. İlk ve orta öğrenimini Bursa’da tamamladı. 1992 yılında Orta Doğu Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği bölümünden mezun oldu. Daha sonra aynı üniversitenin işletme bölümünden yüksek lisans derecesini aldı. Yine Ortadoğu Teknik Üniversitesi Eğitim Fakültesinde eğitim bilimleri alanında doktora yeterliliğini aldı. Yüksek öğrenim kurumları ve teknoparklar konulu doktora tezi oy çokluğu ile reddedilince doktora programından ayrıldı Dünya Bankası, Birleşmiş Milletler Uluslararası Kalkınma Örgütü, Uluslar arası Teknoparklar Birliği gibi uluslararası kuruluşlarca düzenlenen çok sayıda konferansa davetli konuşmacı olarak katıldı, bildiriler sundu.

Kariyer hayatına 1992 yılında Milli Eğitim Bakanlığı’nda başlayan Mustafa Atilla özel sektöre geçtikten sonra kısa bir süre yurt dışında çalıştı. 1997-2007 yılları arasında Bilkent Holding Bünyesinde bilişim teknolojileri, teknoparklar, uzay ve savunma teknolojileri, arazi geliştirme konularıyla ilgili çok sayıda şirkette üst düzey yöneticilik yaptı ve çeşitli şirketlerin kurulmasını sağladı. 2008 yılından sonra kendi girişimlerini hayata geçiren Mustafa Atilla enerji, bilişim, turizm, gayrimenkul ve teknoloji yönetimiyle ilgili çok sayıda şirket kurdu.

Kariyer ve akademik yaşantısının yanı sıra eğitim, bilişim teknolojileri ve teknoparklarla ilgili olarak çeşitli yerli ve yabacı sivil toplum örgütlerine üye oldu ve bazılarında çeşitli görevler yaptı. Eğitimde bilgi teknolojileri, teknoparklar ve yüksek öğretim kurumları, ARGE, çevre duyarlığı vb. konularda çeşitli bildirileri, televizyon programları ve bir kitap çevirisi olan Mustafa Atilla bazı yayın kuruluşları, dernek, vakıf, sanayi ve ticaret odalarından profesyonel yöneticilik ve girişimcilikle ilgili ödüller aldı. 2001 yılında tescil edilmiş bir patenti de bulunan Mustafa Atilla evli ve iki çocuk babasıdır.